Dôležitú úlohu zohráva hlavne vo chvíli, keď sa objaví nový variant.
Keď koncom novembra oznámila Juhoafrická republika, že zaznamenali nový variant koronavírusu, ktorý sa vyznačuje mnohonásobným zmutovaním, svet zostal v pozore. O omikrone sa vedelo veľmi málo a vedci uviedli, že je nákazlivejší a dokáže lepšie obísť imunitu po očkovaní alebo prekonaní ochorenia. No vďaka rýchlemu sekvenovaniu pozitívnych vzoriek sa na nový variant prišlo včas.
Genetické sekvenovanie je čítanie genetickej informácie uloženej v nukleovej kyseline, v prípade koronavírusu RNA. Sekvenovaním sa pozeráme na celý genóm vírusu a sledujeme na ňom výskyt všetkých známych aj neznámych mutácií, vysvetľuje Úrad verejného zdravotníctva.
Záhada v Japonsku: Koronavírus tam prakticky „vykapal“, vedci si to nevedia vysvetliť
Vďaka sekvenovaniu vieme lepšie získať obraz o výskyte mutácií a sledovať zmeny v genóme vírusu. Podľa vedcov je to kľúčové v boji proti covidu, nakoľko tak vieme rýchlo zachytiť nové varianty, trasovať jeho šírenie a obmedziť jeho rozširovanie. Vedci tak získavajú aj čas, aby nový variant lepšie spoznali a zistili, aké má vlastnosti.
„Sledujeme tak evolúciu vírusu, dokážeme posúdiť vplyv mutácií na účinnosť vakcín či správnosť diagnostických súprav pre RT-PCR diagnostiku,“ vysvetľuje hlavný hygienik SR Ján Mikas.
Americká televízia CNN sa pozrela na krajiny sveta, kde najlepšie sekvenujú pozitívne vzorky a vedia tak účinne zakročiť. Za posledných 30 dní, počas ktorých sa objavil aj nový variant omikron, sekvenovala vzorky menej ako tretina krajín sveta. Z dát GISAID (globálnej vedeckej iniciatívy) je tiež zrejmé, že takmer tretina z 241 krajín a území sledovaných iniciatívou nedokázala sekvenovať viac ako 100 vzoriek v priebehu pandémie.
Za posledný mesiac iba tucet krajín vykonalo sekvenovanie pre viac ako päť percent svojich prípadov koronavírusu. Boli to Dánsko, Bahrajn, Izrael, Kambodža, Švédsko, Veľká Británia, Ghana, Luxembursko, Senegal, Aruba, Nový Zéland a Botswana.
Ďalších 63 krajín za posledný mesiac sekvenovalo malý počet pozitívnych vzoriek a viac ako 100 štátov neurobilo žiadne sekvenovanie. To znamená, že vôbec nezisťujú, či sa medzi nakazenými objavil nový variant omikron.
Mnohé krajiny dokážu sekvenovať veľa vzoriek vďaka tomu, že nemajú vysoký počet nových prípadov nákazy za deň. Príkladom je napríklad Dánsko, Bahrajn či Izrael. Iné majú zase dostatočné kapacity zamestnancov v laboratóriách a tiež moderné vybavenie.
Sekvenácia je v porovnaní s RT-PCR metódou omnoho náročnejší proces po všetkých jeho stránkach – časovo, technicky, personálne a aj finančne. Kým PCR vyšetrenie dokážu odborníci pripraviť a vyhodnotiť v priebehu pár hodín, sekvenácia so všetkými nevyhnutnými prípravami trvá aj niekoľko dní.
Nie každá vzorka je vhodná na sekvenovanie, musí obsahovať dostatočné množstvo vírusu. Vzorka odobraná v počiatočnom alebo konečnom štádiu ochorenia nemusí stačiť, vhodnejšia je vzorka odobratá v čase, keď je ochorenie rozvinuté a dá sa z nej izolovať dostatok vírusovej RNA. Sekvenácia vzoriek s menším množstvom vírusu je náročnejšia a nemusí byť úspešná, informuje Úrad verejného zdravotníctva na svojej stránke.
Sledujte Televízne noviny vo full HD a bez reklám na Voyo
